Veiligheidsmaatregelen worden zowel in technische als in organisatorische vorm genomen.
Dubbele beveiligingsmechanismen zijn vaak onderdeel van het systeem.
In geautomatiseerde opslagsystemen werken geen mensen in het opslagsysteem zelf. Alle processen zijn gestandaardiseerd en de ladingen worden door profielcontroles gecontroleerd.
Alleen bij storingen moeten medewerkers het opslagsysteem in. Vanuit de machinerichtlijn zijn veiligheidsmaatregelen verplicht bij het oplossen van storingen. Risico op ongelukken ontstaat vaak als er technische of logistieke storingen in het systeem opgelost moeten worden. Wanneer iedereen zich aan de procedures houdt is de kans op ongelukken vrijwel uitgesloten. Juist de ervaren medewerkers nemen risico's door "even snel iets oplossen".
Voor de algemene beveiliging van het systeem zijn vele oplossingen voorhanden. Enkele aandachtspunten zijn onderstaand weergegeven.